Le phosphore est un élément indispensable à la croissance des végétaux. Il est présent dans les sols sous forme minérale et organique. La fertilisation phosphatée des sols comprend une large gamme de produits, issus des phosphates naturels (en totalité en ce qui concerne les engrais minéraux), ou de matières organiques fertilisantes (step, déjections animales). Apportés en excès, ils s’accumulent dans les sols.
Le phosphore peut rejoindre les milieux aquatiques sous forme dissoute par les drainages, les écoulements de nappe, ou fixé aux particules du sol et entrainé par ruissellement et érosion. Ces émissions de phosphore, conjuguées à celles des nitrates, contribuent aux phénomènes d’eutrophisation des eaux de surface, avec des perturbations écologiques dans les milieux aquatiques lacustres, fluviaux et estuariens.
La distribution des teneurs en phosphore facilement extractibles montre très clairement des effets régionaux. Ce phosphore extractible est un indicateur du phosphore facilement assimilable par les plantes. Les régions d’élevage intensif, comme la Bretagne, présentent de fortes teneurs en phosphore. Il s’agit essentiellement de phosphore d’origine organique, lié aux épandages d’effluents. Les autres secteurs où le phosphore apparaît en excédent sont principalement l’Alsace et le Nord-Pas-de-Calais. Dans ces régions, la craie phosphatée du Nord et les scories issues de l’activité sidérurgique ont été utilisées à partir de 1860. Dans de nombreuses régions, la majorité des sols présente des teneurs faibles en phosphore extractible : Aquitaine, Bourgogne, Centre, Franche-Comté, Languedoc-Roussillon, Lorraine, Limousin et Midi-Pyrénées. Récemment, une carte du phosphore total a été estimée produite à partir de mesures sous un sous échantillon du RMQS, et d’un modèle couplant substrat, propriétés et usages des sols.
